PayPal cobra una comisión por controversias al comercio para poder gestionar el proceso de resolución de controversias en transacciones realizadas por un comprador con una cuenta de PayPal o por un comprador que utilice PayPal Checkout como usuario invitado. 

Esta comisión por controversias se aplica a dichas transacciones cuando el comprador presenta una reclamación directamente a PayPal o cuando la presenta a través de un contracargo con el emisor de su tarjeta o una cancelación con su banco. 

La comisión por controversias no se aplica a las transacciones procesadas a través de PayPal Pro o del procesamiento avanzado de tarjetas de crédito y débito, en ocasiones denominadas transacciones "sin marca". 

El importe de la comisión por controversias depende del porcentaje de reclamaciones presentadas en relación con el total de tus ventas en los 3 meses anteriores. Se aplicará la comisión por controversias estándar, a menos que tu tasa de controversias sea de 1.5% o mayor y que hayas realizado más de 100 transacciones de ventas en los tres meses anteriores. Si entras en esa categoría, se aplicará la comisión por alto volumen de controversias a cada una de las controversias.  

La comisión estándar por controversias no se aplicará a las consultas que se hagan en el Centro de resoluciones de PayPal mientras estas no se escalen a reclamación; tampoco se aplicará a las controversias resueltas de forma amistosa entre el comprador y el vendedor ni a aquellas que se presenten directamente a PayPal por transacción no autorizada.