PayPal opkræver et forhandlertvistgebyr for at administrere processen vedrørende løsning af tvister på betalinger, der blev gennemført af en kunde med en PayPal-konto eller en kunde, der bruger PayPal Checkout som gæst. 

Dette tvistgebyr gælder for sådanne betalinger, både når kunden sender et krav direkte med PayPal, og når vedkommende anmoder om en tilbageførsel hos sin kortudsteder eller bank. 

Tvistgebyret gælder ikke for betalinger, der behandles via PayPal Pro eller avanceret behandling af betalingskort, også kaldet ikke-varemærkebeskyttede betalinger. 

Beløbet for tvistgebyret afhænger af procentdelen af krav, der er registreret i forhold til dit samlede salg inden for de seneste tre måneder. Standardtvistgebyret gælder, medmindre din tvistrate er på 1,5 % eller mere, og du har modtaget betalinger for mere end 100 salg inden for de seneste tre hele måneder. Hvis du falder ind under denne kategori, vil  tvistgebyret for høj volumen  blive pålagt hver tvist.  

Standardtvistgebyret frafaldes for forespørgsler i PayPals Løsningscenter, der ikke er eskaleret til et krav, dem, der er løst i mindelighed mellem kunde og forhandler, eller dem, der er registreret til PayPal direkte som en uautoriseret betaling.