PayPal berechnet eine Konfliktgebühr zur Untersuchung von Transaktionen, die von einem Käufer mit einem PayPal-Konto oder einem Käufer, der PayPal Checkout als Gast nutzt, abgeschlossen wurden. 

Diese Konfliktgebühr gilt sowohl bei Transaktionen, bei denen der Käufer einen Käuferschutzantrag direkt bei PayPal stellt, als auch bei Transaktionen, bei denen er eine Rückbuchung bei seinem Kreditkartenanbieter oder seiner Bank beantragt. 

Die Konfliktgebühr gilt nicht für Transaktionen, die über PayPal Pro oder die erweiterten Funktionen für Kredit- und Debitkarten abgewickelt werden, die auch als Transaktionen ohne Markennamen ("unbranded") bezeichnet werden. 

Die Höhe der Konfliktgebühr hängt vom Prozentsatz der Käuferschutzanträge zum Gesamtumsatz der letzten drei Monate ab. Es gilt die Standard-Konfliktgebühr, es sei denn, Ihre Konfliktrate beträgt 1,5% oder mehr und Sie hatten in den letzten drei vollen Monaten mehr als 100 Verkaufstransaktionen. Wenn Sie in diese Kategorie fallen, gilt für jeden Konflikt die Konfliktgebühr für  hohes Volumen .  

Bei Anfragen auf der Seite "Konfliktlösungen", für die PayPal nicht zur Klärung eingeschaltet wird, bei denen sich Käufer und Verkäufer einvernehmlich einigen oder die direkt bei PayPal als nicht genehmigte Transaktionen gemeldet werden, wird auf die Standard-Konfliktgebühr verzichtet.