קונה יכול לפתוח מחלוקת ב'מרכז יישוב המחלוקות' שלו אם ההזמנה לא הגיעה או שהיא שונה משמעותית מהתיאור.

במקרה של מחלוקת, עומדים לרשות הקונה והמוכר 20 ימים לשלוח הודעות זה לזה ב'מרכז יישוב המחלוקות' כדי לנסות ליישב את הבעיה. לדוגמה, הקונה יכול לבקש החזר, לבקש מהמוכר לשלוח שוב את הפריט, או להסדיר החזרה של הפריט. במקרה של מחלוקת, PayPal אינה מתערבת או מחליטה על התוצאה.

כדי לבקש מ-PayPal לבדוק את המקרה ולהכריע בו, יש להסלים את המחלוקת לתביעה תוך 20 ימים. הקונה או המוכר יכולים להסלים מחלוקת לתביעה.

הזמן שיידרש לנו להחליט על תוצאת התביעה עשוי להשתנות. משך הזמן תלוי באם דרושים לנו פרטים נוספים או לא, ובמהירות שבה שני הצדדים מגיבים לפניות שלנו. בדרך כלל אנו מגיעים להחלטה תוך 14 יום, אך במקרים מסוימים הדבר עשוי לארוך 30 יום או יותר.