PayPal tính phí tranh chấp của người bán để quản lý quy trình giải quyết tranh chấp đối với các giao dịch đã được hoàn thành bởi người mua có tài khoản PayPal hoặc người mua sử dụng PayPal Checkout với tư cách Khách. 

Phí tranh chấp này áp dụng cho các giao dịch như vậy cả khi người mua nộp đơn khiếu nại trực tiếp với PayPal và khi họ nộp thông qua yêu cầu bồi hoàn với tổ chức phát hành thẻ hoặc đảo ngược với ngân hàng của họ. 

Phí tranh chấp không áp dụng cho các giao dịch được xử lý thông qua xử lý thẻ ghi nợ và PayPal Pro hoặc nâng cao, đôi khi được gọi là giao dịch "không có thương hiệu". 

Số tiền Phí tranh chấp phụ thuộc vào tỷ lệ khiếu nại được đệ trình đối với tổng doanh số bán hàng của bạn trong 3 tháng trước. Phí tranh chấp tiêu chuẩn sẽ được áp dụng trừ khi tỷ lệ tranh chấp của bạn từ 1,5% trở lên và bạn đã có hơn 100 giao dịch bán hàng trong ba tháng trước đó. Nếu bạn thuộc loại đó, phí tranh chấp khối lượng lớn sẽ được áp dụng cho mỗi tranh chấp.  

Phí tranh chấp tiêu chuẩn sẽ được miễn đối với các yêu cầu trong Trung tâm giải quyết tranh chấp PayPal không được chuyển lên thành khiếu nại, những yêu cầu được giải quyết một cách thân thiện giữa người mua và người bán hoặc những yêu cầu được đệ trình lên PayPal trực tiếp dưới dạng giao dịch trái phép.