PayPal si účtuje poplatok za riešenie sporov obchodníka za riadenie procesu riešenia sporov pri transakciách, ktoré uskutočnil kupujúci s PayPal účtom alebo kupujúci využívajúci PayPal Checkout ako hosť. 

Tento Poplatok za spor sa vzťahuje na takéto transakcie, keď kupujúci uplatní sťažnosť priamo u PayPal a zároveň prostredníctvom chargeback u vydavateľa karty alebo storna vo svojej banke. 

Poplatok za spor sa nevzťahuje na transakcie spracované prostredníctvom PayPal Pro alebo rozšíreného spracovania kreditných alebo debetných kariet, ktoré sa niekedy označujú ako transakcie bez označenia. 

Výška poplatku za spor závisí od percenta nárokov podaných proti vášmu celkovému predaju za posledné tri mesiace. Štandardný poplatok za spor sa uplatňuje, pokiaľ je vaša miera sporov nižšia ako 1,5 % a za posledné tri mesiace ste nemali viac ako 100 predajných transakcií. Ak patríte do tejto kategórie, na každý spor sa bude vzťahovať vysoký poplatok za spor .   

Štandardný poplatok za spor bude odpustený v prípade otázok v centre riešenia problémov PayPal, ktoré nie sú postúpené ako sťažnosť, otázok, ktoré sa vyriešia priateľsky medzi kupujúcim a predajcom alebo tých, ktoré PayPal podané priamo ako neoprávnená transakcia.