PayPal brengt geschilkosten voor webwinkels in rekening voor het beheren van de procedure voor geschillenoplossing voor transacties die zijn voltooid door een koper met een PayPal-rekening of een koper die PayPal Checkout als gast heeft gebruikt. 

Deze geschilkosten zijn zowel van toepassing op transacties waarbij de koper rechtstreeks bij PayPal een claim indient, als transacties waarbij een claim wordt ingediend via een terugvordering bij zijn/haar kaartuitgevende instantie of een terugboeking van zijn/haar bank. 

De geschilkosten zijn niet van toepassing op transacties die via PayPal Pro of geavanceerde verwerking van creditcards en bankpassen zijn verwerkt. Deze transacties worden ook wel 'unbranded' transacties genoemd. 

Het bedrag van de geschilkosten is afhankelijk van het percentage claims dat in de afgelopen 3 maanden tegen je totale omzet is ingediend. De Standaardkosten voor geschillen zijn van toepassing tenzij je geschillenpercentage 1,5% of meer is en je meer dan 100 verkooptransacties had in de afgelopen drie maanden. Als je in die categorie valt, gelden de Kosten voor een  hoog aantal geschillen  voor elk geschil.  

De Standaardkosten voor geschillen worden niet in rekening gebracht voor vragen in het Actiecentrum van PayPal die niet tot een claim worden geëscaleerd, geschillen die onderling tussen koper en verkoper worden opgelost, of geschillen die rechtstreeks als ongeautoriseerde transactie bij PayPal worden ingediend.