PayPal facture des frais de résolution de litiges pour gérer la procédure de résolution des litiges concernant des transactions effectuées par un acheteur disposant d'un compte PayPal ou utilisant Paiement PayPal en tant qu'invité. 

Ces frais de résolution de litiges s'appliquent à de telles transactions à la fois lorsque l'acheteur dépose une réclamation directement auprès de PayPal et lorsqu'il dépose une opposition au paiement auprès de l'émetteur de sa carte ou une annulation auprès de sa banque. 

Les frais de résolution de litiges ne s'appliquent pas aux transactions traitées via PayPal Pro ou via le traitement avancé par cartes de crédit et de débit, parfois appelées transactions « sans marque ». 

Le montant des frais de résolution de litiges dépend du pourcentage de réclamations déposées par rapport au total de vos ventes au cours des trois derniers mois. Les frais de résolution de litiges standard s'appliquent, sauf si votre taux de litiges s'élève à 1,5 % ou plus et si vous avez effectué plus de 100 transactions de vente au cours des trois derniers mois. Dans ce cas, les  frais de résolution de litiges pour volume élevé  s'appliquent à chaque litige.  

Les frais de résolution de litiges standard seront annulés pour les requêtes déposées dans le Gestionnaire de litiges PayPal et qui ne sont pas escaladées en réclamation, celles qui sont résolues à l'amiable entre l'acheteur et le vendeur, ou celles qui ont été déposées directement auprès de PayPal comme transactions non autorisées.