PayPal mengenakan Yuran Pertikaian Peniaga untuk menguruskan proses penyelesaian pertikaian bagi transaksi yang telah diselesaikan oleh pembeli dengan akaun PayPal anda atau pembeli yang menggunakan PayPal Keluar sebagai Tetamu. 

Yuran Pertikaian ini dikenakan untuk transaksi tersebut kedua-duanya apabila pembeli memfailkan tuntutan secara terus dengan PayPal dan apabila mereka memfailkan caj balik dengan pengeluar kad mereka atau pembalikan dengan bank mereka. 

Yuran Pertikaian tidak dikenakan kepada transaksi yang diproses melalui PayPal Pro atau pemprosesan kad kredit dan debit Lanjutan, kadangkala dipanggil transaksi "tidak dijenamakan". 

Amaun Yuran Pertikaian bergantung kepada peratusan tuntutan yang difailkan terhadap jumlah jualan anda dalam tempoh 3 bulan sebelumnya. Yuran Pertikaian Standard akan dikenakan melainkan kadar pertikaian anda 1.5% atau lebih dan anda mempunyai lebih daripada 100 transaksi jualan dalam tiga bulan penuh sebelumnya. Jika anda tergolong dalam kategori tersebut, Yuran Pertikaian Volum Tinggi akan dikenakan untuk setiap pertikaian.  

Yuran Pertikaian Standard akan dikecualikan untuk Pertanyaan di Pusat Resolusi PayPal yang tidak dikemukakan kepada tuntutan, bayaran yang diselesaikan secara aman antara pembeli dan penjual, atau mereka yang difailkan untuk PayPal terus sebagai transaksi Tidak Dibenarkan.