PayPal เรียกเก็บค่าธรรมเนียมข้อพิพาทผู้ค้าเพื่อจัดการกระบวนการระงับข้อพิพาทเกี่ยวกับการทำรายการที่ดำเนินการโดยผู้ซื้อที่มีบัญชี PayPal หรือผู้ซื้อที่ใช้ PayPal Checkout ในฐานะผู้ใช้งานชั่วคราว 

ค่าธรรมเนียมข้อพิพาทนี้ใช้กับการทำรายการดังกล่าว ทั้งเมื่อผู้ซื้อยื่นข้อเรียกร้องกับ PayPal โดยตรง และเมื่อผู้ซื้อยื่นข้อเรียกร้องผ่านการปฏิเสธชำระเงินกับผู้ออกบัตร หรือการตีคืนการชำระเงินกับธนาคารของตน 

ค่าธรรมเนียมข้อพิพาทนี้ใช้ไม่ได้กับการทำรายการที่ประมวลผลผ่าน PayPal Pro หรือการประมวลผลบัตรเครดิตหรือบัตรเดบิตขั้นสูง ซึ่งบางครั้งเรียกว่าการทำรายการ "ที่ไม่มีแบรนด์" 

จำนวนเงินค่าธรรมเนียมข้อพิพาทขึ้นอยู่กับเปอร์เซ็นต์ของข้อเรียกร้องที่ยื่นต่อยอดขายทั้งหมดของคุณในช่วง 3 เดือนที่ผ่านมา จะมีการเรียกเก็บค่าธรรมเนียมข้อพิพาทมาตรฐาน เว้นแต่อัตราการเกิดข้อพิพาทของคุณจะเท่ากับหรือมากกว่า 1.5% และคุณมีธุรกรรมการขายมากกว่า 100 รายการในช่วงสามเดือนเต็มที่ผ่านมา ถ้าคุณจัดอยู่ในประเภทดังกล่าว จะมีการเรียกเก็บค่าธรรมเนียมข้อพิพาทใน ปริมาณสูง สำหรับแต่ละข้อพิพาท 

ค่าธรรมเนียมข้อพิพาทมาตรฐานจะได้รับการยกเว้นสำหรับข้อสอบถามในศูนย์ร้องเรียนกรณีซื้อขายของ PayPal ที่ไม่ได้ยกระดับขึ้นเป็นข้อเรียกร้อง ข้อพิพาทที่ได้รับการระงับอย่างฉันมิตรระหว่างผู้ซื้อกับผู้ขาย หรือข้อพิพาทที่ยื่นกับ PayPal โดยตรงโดยเป็นการทำรายการโดยไม่ได้รับอนุญาต