PayPal은 PayPal 계정 또는 비회원으로 PayPal Checkout을 사용하는 구매자가 완료한 거래에 대한 분쟁 해결 절차를 관리하기 위해 판매자 분쟁 수수료를 부과합니다. 

이 분쟁 수수료는 구매자가 PayPal에 직접 클레임을 제기하거나, 카드 발급기관에 지불거절 또는 은행에 결제취소를 제기하는 거래에 모두 적용됩니다. 

분쟁 수수료는 PayPal Pro 또는 고급 신용카드 및 직불카드 처리를 통해 처리되는 거래(때로는 "브랜드 없는" 거래라고도 함)에는 적용되지 않습니다. 

분쟁 수수료 금액은 이전 3개월 동안의 총 매출 대비 제기된 클레임의 비율에 따라 달라집니다. 분쟁 비율이 1.5% 이상이고 이전 3개월 동안 100건을 초과하는 판매 거래가 발생한 경우를 제외하고는 표준 분쟁 수수료가 적용됩니다. 해당 카테고리에 속하는 경우에는 각 분쟁에 대해 대량 분쟁 수수료가 부과됩니다.  

PayPal 분쟁해결센터의 문의 가운데 클레임으로 격상되지 않았거나, 구매자와 판매자 사이에서 원만하게 해결되었거나, 무단 거래로 직접 PayPal에 제기된 문의는 표준 분쟁 수수료가 면제됩니다.