PayPal addebita una tariffa per le contestazioni per i commercianti per la gestione della procedura di risoluzione delle contestazioni per le transazioni elaborate dall'acquirente tramite il proprio conto PayPal o tramite PayPal Checkout come utente non registrato. 

La tariffa per le contestazioni si applica a queste transazioni sia quando l'acquirente apre un reclamo direttamente con PayPal, sia quando presenta una richiesta di chargeback presso la società emittente della carta o una richiesta di storno presso la propria banca. 

La tariffa per le contestazioni non si applica alle transazioni elaborate tramite PayPal Pro e ai pagamenti avanzati con carta di credito e di debito, talvolta denominate transazioni "senza marchio". 

L'importo della tariffa per le contestazioni dipende dalla percentuale di reclami presentati a fronte delle vendite totali nei tre mesi precedenti. Se la tua percentuale di contestazioni è inferiore all'1,5% e l'utente non ha effettuato più di 100 transazioni di vendita nei tre mesi precedenti, si applica la tariffa per le contestazioni standard. In caso contrario, per ciascuna contestazione si applica la tariffa per le contestazioni per  volumi elevati .  

La tariffa per le contestazioni standard non si applica alle richieste nel Centro risoluzioni PayPal che non vengono convertite in reclamo, le richieste risolte amichevolmente tra l'acquirente e il venditore o le pratiche per transazione non autorizzata aperte direttamente con PayPal.